Pubmed 是非常知名的免費資料庫, 收錄包括農學, 生物, 醫學等領域的文章摘要. 如果你是使用 Pubmed 的常客, 那恭喜你, 一定要試試看 Writer + Bibus 來寫報告及論文

Pubmed: www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?DB=pubmed
Bibus: bibus-biblio.sourceforge.net/wiki/index.php/Main_Page


小弟最近在寫文章準備要投稿, 在此把使用 OOo Writer 及圖書編目軟體過程貼出來, 希望可以吸引更多人來使用 OOo. 而 Bibus 作者是生物領域的, 所以 Bibus 對生物領域比較友善, 不確定其他領域使否試用, 這煩請非生物領域的大大們試用後分享你們的經驗. 不同期刊有不同格式 (這不是廢話嗎!), 在此以 Journal of Applied Microbiology 的格式來進行說明, 逐次的貼在補給站.


A. Wirter 的設定

1. 兩倍行距: Format > Paragraph > Indence & spacing > Line spacing --> 選兩倍

2. 設定邊界: Format > Page > Page > Margins 設定邊界 (英制或公制)

3. 插入頁碼: Insert > Footer > default 然後 Insert > Field > Page number 可以把文字置中

4. 設定每行的編號: Tools > Line Numbering 把 show numbering 打勾, 若要每行都標示, 把 Interval 改為 1

5. 記錄修正過程: Edit > Changes > Record 然後會把修正過程記錄下來. 如果是使用 MS Word 的這個功能內設的顏色是藍色, 而 Writer 內設的顏色是紅色. 有些人喜歡用這個功能, 因為可以讓學生知道有哪些地方被修正過的, 對練習寫作有幫助的. 如果想要隱藏被修正的記錄, 只要留下正確的內容, Edit > Changes > 把 Show 的打勾去除. PS: 這個功能比較少人知道.


B. 設定論文格式 (Style)
講到論文格式, 一定讓很多人到現在還是恨得牙養養的. 沒想到逗號, 句號, 空格這三個不起眼的小東西幾乎可以把人逼瘋. 加上斜體, 粗體, 期刊名縮寫, et al, 年份放前放後等, 絕對令新手完全崩潰!

Bibus 有個功能, 就是可以自己編輯格式. 我曾經編過一個格式, 當時還不熟, 前後花了數個小時才完成. 最近編輯 Journal of Applied Microbiology 的格式, 只花了 5 分鐘就完成, 一來是熟習 Bibus 的用法, 二來是這本期刊的格式容易編輯. 小弟非常鼓勵, 強烈地鼓勵, 想要寫報告或論文, 但是不熟悉格式的人, 找個幾本期刊, 下載 (或影印) 該期刊的最新文章及下載 guide_to_author, 利用 Bibus 的格式編輯功能, 花幾個小時去學設定, 相信會有打通任督二脈, 功力倍增的感覺.

設定論文格式 (Style) B1.png: 來自 Journal of Applied Microbiology 的文章. 引用文獻是用人名年份方式 (Name-and-year system) B2.png: 來自 Journal of Applied Microbiology 的文章. 順序是: 作者, 年代 (要括弧), 標題, 期刊名 (縮寫但不加句號, 要斜體). 卷數 (粗體), 頁數. 其中多位作者的排法都一樣, 這設定上比較最簡單. B3.png: 來自 Applied and Environmental Microbiology. 引用文獻是用號碼方式 (Number system, 與於前一本期刊不同). 文獻順序是: 作者, 年代 (不用括弧), 標題, 期刊名 (縮寫加句號, 不斜體). 卷數 (粗體)-冒號-頁數. 其中多位作者的排法不同, 這有點棘手. 請仔細看就明白了 C1.png: 編輯 Style, 可以選人名年份方式或是號碼方式. C2.png: 編輯文獻中作者的格式. 可以一邊編輯, 上面馬上會出現預覽圖 preview (我認為這很酷, 也是學習的關鍵所在). 在 Journal of Applied Microbiology, 所有作者都是相同順序: 姓, 名第一字母, 中間名的第一字母. C3.png: 在 Applied and Environmental Microbiology, 中間作者及最後作者是: 姓, 名第一字母, 中間名的第一字母. 這時候可以用 Bibus 內建的選單選這個排列法. <個人經驗> 編輯時最容易忽略的是空格, 在此建議使用其他符號 (如$)代替空格會比較容易明白. 遇過一些情況, 最終的格式會出現兩個句號, 這個會在 Bibus 的注意事項及缺點加以說明. C4.png: 這是決定出現的項目及順序, 有的年份有加括號, 就是在這裡設定的. 同時可以使用斜體 (如期刊名) 或是粗體 (如 volume) C5.png:.......這個以後會有例子可以解釋 PS: 我的敘述可能有錯, 請以看到的畫面或實際操作為準 ---------------- 日內瓦一條牛

參照：

我就是被這一點打敗的.
我原本要用Writer+bibus寫論文的,
但是老闆只用Ms Word+Endnotes.

老闆常用的Track change與outline, 在Writer裡面通通讀不出來, 最後我只好摸摸鼻子回去用該死的Word.................................

在此簡單介紹編輯 Applied and Environmental Microbiology 格式的方法. E1.png: "Bibliographic index" 有三個重點 1. 輸入 REFERENCES (有的是 Literature cited 或 References cited). 中文的話可以輸入引用文獻, 參考文獻, 參考資料. 假如輸入 My cute references, 最後會出現這個 (應該沒人會這樣吧?). 2. 選擇 Number entries (number system, 號碼方式). 就是指文章中所引用的文獻以號碼的方式呈獻. 3. 另一個是選括號型式, 在此選小括號. 最後會出現 (2, 6, 25). 選中括號會變成 [2, 6, 25]. E2.png: Fields formatting: 1. 第一作者, 選 Baker<1>N<2>J<3> --> 姓在前, initial (名字第一字母) 在後. 2. 中間及最後作者選 N<1>J<2>Baker --> initial 在前, 姓在後. 3. Joining (好像翻成連接處): 四號位置 <4> 輸入 and (有些文章使用 &). 五號位置 <5> 應該放個句號, 但是建議保留空白, 稍後會解釋. 其中 E2a.png 是故意把空格的地方填入一些符號, 這樣更容易看出哪裡該空格哪裡該放逗號. 這裡的變更可以立刻預覽 (或許該用個專業的詞: WYSIWYG), 所以看似複雜的格式, 很快就上手. E2b.png 就是正常該有的樣子. E3a.png: Fields ordering 1. 選擇該出現的項目或是調整順序. 2. 調整粗體斜體及符號空格等 (這裡還是用一些符號代替空格, 就很容易看出編輯的效果). 如 volume 要粗體. 期刊名不用斜體但是要加句號 (這個目前無法搞定, 以後解釋) 3. 其中 Author 後面放個句號及空格, 這個位置相當於上述的最後作者 <5> 的位置, 所以兩個選一個就好, 不然會重複. ** 修正及補充: 補上 E3b.png. Author 前方要有 Identifier-句號-空格. 不然最後文獻前方只有第一作者的姓, 不會出現編號如 1. *** 2. +++ 3. /// E4.png: Citation: 這裡只要把 Fuse, 選逗號作為分隔. 變成 (2, 6, 25). 若選分號會變成 (2; 6; 25). 經過這番努力, 所產生的文章看起來 "很接近" 上面真正 AEM 文章的 (B3.png) 的樣子. 為何說 "很接近"? 因為還有些小東西要調整, 這個以後再談. --- 在此說聲抱歉, 經過朋友的提醒後, 真是覺得汗顏. 小弟不刮別人的鬍子, 但是還是要把自己的刮乾淨. 找機會將把本討論主題之前的內容加以修正, 尤其是格式及錯字. 中文用詞方面就參考台大獸醫系傅祖慧教授的 "科學論文寫作" (2002, 修定第三版, 藝軒出版社). 有關標點符號的使用, 因為使用中文全形的符號有些許困難, 就用英文的, 當然這是不合規格, 敬請見諒.

太棒了！非常實用的文章！

感謝 tad 兄的肯定!
未來, 小弟將會把這一系列的東西修編更完整後, 以 CC 創用的方式分享出來.
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**在此用個虛擬的角色--傻蛋牛, 及小弟--笨牛, 來進行我們的故事**


菜鳥研究生, 傻蛋牛, 高高興興地用 Bibus + Writer (on Linux),
寫了篇報告, 利用 Bibus 作文獻整理

F1.png: 這是完成報告後的樣子. 此處文獻是呈灰色背景, 並非最後的樣子.

#這個部份 Bibus 目前沒有所見即所得的預覽功能, 一定要先經過一個 Finalize (暫翻: 最終化處理) 的步驟.
#可以選 Hilight Citations 的功能,這樣文章中插入的文獻會有黃色底色, 比較容易辨識.



F2.png: 這是經過最終化後的樣子 --> Final_1.odt, ......oops, 還是怪怪的.

**Finilize 時, bibus 會自動開啟一個新的 Writer 檔, 會根據 style 設定來進行最終化處理.
**Finilize 後, 一定要先存檔後才可以進行編輯, 不然編完了會發現無法存檔.



F3.png: 叫出 Format > Styles and Formatting (或按下 F11) > 選擇所有的文獻 > 選擇 Hanging indent, 就會看到文獻排列整齊. 必要時手動 "enter" 以增加文獻之間的行距.
此時傻蛋牛雙手奉上報告給老闆, 以為這是一篇完美零缺點的報告, 萬萬沒想到, 悲劇才要開始.



F4.png: 這是老闆改完及罵完後的樣子.

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挨一頓罵之後, 傻蛋牛列出了老闆指正的地方, 並跟笨牛討論.

1.
老闆: 文中引用文獻的小括號前後要空一格.
傻蛋牛:Sorry! 這是疏忽.
笨牛: 注意一下就好.

2.
老闆: 中文有待加強.
傻蛋牛: 認錯! 這....沒有辦法.
笨牛: 這個我也很差, 幫不上忙.

3.
老闆: 學名要斜體, 屬名第一字母要大寫, 連這都不知道?
傻蛋牛: 這很奇怪, 明明該斜體, 為何 bibus 不會自動處理? 我也知道第一字母要大寫, 但是插入後就是小寫!
笨牛: 目前 bibus 無法自動把所引用文獻的題目裡的文字斜體化, 請見這個網頁. 希望新版可以增加這個功能.
bibus-biblio.sourceforge.net/wiki/index.php/Italicize_words_using_OpenOffice.org
所以在交出去以前, 自己一定要先仔細校稿, 切記!

4.
老闆: 文獻中的 H2O, NADH 該大寫就要大寫.
傻蛋牛:Soooooorry! 這是還是疏忽. 但是在 Pubmed 看起來正常, 怎麼會......
笨牛: 校稿很重要!

5.
老闆: 有些文獻漏了卷數或頁數.
傻蛋牛: 我也不知道為何會發生這種事.
笨牛: 這偶爾會發生, 自己一定要先校對, 然後回去 bibus 把那筆資料叫出來, 把漏掉的頁數補上.

6.
老闆: 文獻中的作者要粗體.
傻蛋牛: Sorry! 這是依然是疏忽.
笨牛: 把 style 修改一下就好, 一定要仔細讀 guide_to_author 的規定, 並與最新文章比對一下, 自己的格式是否有錯.

7.
老闆: 多試試幾個資料庫, 不要只會用 Pubmed.
傻蛋牛: 這......
笨牛: ......這是惰性.


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老闆回家了, 只剩下笨牛及傻蛋牛.

a.
傻蛋牛: 老闆說多用幾個資料庫, 我也知道, 但是 bibus 只有內建 Pubmed, 我用其他的, 不就無法放入 bibus?

笨牛: 對呀! 我早就發現一些知名度稍低的期刊是不會出現在 Pubmed. 你可以用匯入的功能 (import). 你可以在 ISI (ISI Web of Knowledge, 很多學校都有付費使用的資料庫), 搜尋, 只選 ISI, 不選 Medline 也有的文獻, 輸出檢索結果, 然後匯入 bibus 就好了, 這細節以後再聊.


b.
傻蛋牛: 萬一引用的是在年會或是研討會發表的的東西, 那該如何放入 bibus 的資料庫?

笨牛: 那沒辦法, 如果資料庫都找不到, 你只有自行一筆筆的輸入嘍. 而且你可以把編輯的資料庫, 分享給其他研究生, 因為 bibus 是跨平台的自由軟體, 不限於 Linux, 所以你可以號召你們實驗室所有成員一起來安裝 bibus, 編輯你們的文獻資料庫.

c.
傻蛋牛: 不知道老闆哪根筋不對, 之前才要我用號碼方式整理文獻, 現在突然要我改用人名年份法, 那我不是要重新整理嗎? 這很花時間!

笨牛: 你不是會自己編輯 style? 很簡單, 編好了 style, 只要幾秒鐘, 就可以套用新的論文格式, 老闆要什麼格式, 你三兩下就可以變出來.

d.
傻蛋牛: 你說 bibus 無法將生物學名斜體, 所以我要自行校稿, 但是老闆也會校稿, 那是否代表我必須回去最先的原稿把老闆的修正全部放入原稿, 再 finalize 一次, 然後自己校稿, 再交給老闆進行二修.... 那我乾脆自己來就好, 幹嘛用 bibus, 多此一舉! 萬一前前後後要老闆來個十次修正, 那我不就瘋了!

笨牛: 先別生氣, 這個可以用 bibus 內建的功能: Capture Citations, 把 finalize 及修正後的文件當作原稿用, 繼續編輯並保留已經修正的部份, 如大小寫, 斜體等再進行 finalize. 管他十修還是百修, 你都不用怕. 這個以後再談.
[更正: 發現我誤解 capture citation 的用法, 多次修稿的應付方法以後聊]
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抱歉, 不是小弟的歹戲喜歡拖棚, 實在是無法一次寫完所有的東西, 敬請見諒.

請問一下, 這篇文張可以轉載嗎??
會順便註名出處.

十分抱歉, 小弟這麼晚才回應. 如果站長同意的話, 小弟打算在 "未來" 使用創用 CC (標示姓名-非商業性-相同方式分享), 或是 GNU free documentation license (www.gnu.org/copyleft/fdl.html) 把這些東西分享出來. 這裏的 "未來" 可能要好一陣子

小弟預計今年 (2007) 暑假畢業, 原本想要整理自己的網頁, 把哈啦系列放到網頁上, 但是想到畢業後網頁就要搬家, 下一站還不曉得在哪裡, 實驗也忙, 就怠惰了, 再者, 文件還沒全部完成, 離目標還有點距離. 目前的作法是打游擊戰, 利用空閒寫些東西貼在 OOo 補給站這樣的大站, 等文件逐漸齊全了, 下一個落腳處也確定後再來整理個人網頁 (或者不用了, 全部放在補給站有更多人看, 如果如果站長不反對的話)

我的筆名: 笨牛, 日內瓦一條牛

不好意思,耽誤這麼久, 我們先來聊聊如何安裝 Bibus 好了


A. 安裝

1 在微軟作業系統上安裝: 請參考 bibus-biblio.sourceforge.net/wiki/index.php/Installation

先安裝 python2.3, wxPhthon2.6, python-sqlite, 在安裝 bibus 主程式. 這部份我以前試過, 要注意前面 3 個程式的安裝路徑, 若啟動 bibus 時出現警告或是錯誤訊息, 就可能是前面的程式安裝路徑與 bibus 所認定的路徑不同.

至於 Bibus 可以在 MS Word 上使用, 很抱歉, 小弟沒有試過.

2. 在蘋果作業系統上 (10.4) 安裝: 請參考 merrami.com/bibus/BibusMac.htm

目前因為 Bibus 作者無法在 OS 10.4 上使用 pyuno, 所以作者說無法在蘋果的 OOo 上使用 bibus. 我曾試過 安裝 pyuno....太難了, 兩下就放棄了. 至於可以用 MS Word + bibus on OS 10.4.......很抱歉, 小弟沒有試過.

3. 在 Unix-like OS 上安裝:
http://bibus-biblio.sourceforge.net/wiki/index.php/Main_Page#GNU.2FLinux

Bibus 作者列出 Debian/Ubuntu, FC5, SUSE 10.0 的安裝方式. 小弟沒有玩過 SUSE, 在 FC4, FC5 上試過, 奈何肉腳的我無法解決套件相依問題就放棄了. 不過我曾成功地安裝 Bibus 的作業系統包括 B2D, Mepis, Ubuntu (都是 debian 出來的).
請見 ooo.tnc.edu.tw/modules/newbb/viewtopic.php?topic_id=1559&viewmode=flat&order=ASC&start=0

至於在 BSD 上安裝 Bibus, 我很想嘗試, 如果成功了, 我會把過程貼上來.


G02.png: 這是 Bibus 官網的擷取畫面

G03a.png: 對於 Debian/Ubuntu, 官網建議把下面兩行加到 sources.list

debhttp://switch.dl.sourceforge.net/sourceforge/bibus-biblio ./
deb-srchttp://switch.dl.sourceforge.net/sourceforge/bibus-biblio ./

然後 apt-get update. Update 後安裝 Bibus (我都偷懶進入 synaptic 選 bibus)

G04a.png: 這是 bibus 相依及建議套件. 以前使用 B2D 的經驗是, 安裝時會說 python-wxgtk 無法安裝, 剛開始一頭霧水, 後來換用 Mepis 的 sources.list 就可以安裝了. 所以若有人出現類似的裝況, 可以試試不同的套件來源.

還有, Bibus 安裝成功, 卻無法與 OOo 連接時, 請檢查 python-uno 是否有安裝. 我以前發生過, 因為其他的安裝動作, 把 python-uno 移除了, 很久以後再次使用 bibus 發現怎麼無法跟 OOo 連結, 最後查出是 python-uno 的問題.


G06a.png: 安裝裝好了, 出現在選單中.

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B. 啟動, 這也很重要 (這部份我把圖片貼到 OOo Draw, 編輯後輸出成 png 檔)

在此使用 Kubuntu 6.10 (筆電, Compaq Presario 1500) 的螢幕擷取, 其實在其他作業系統都是相同的啟動步驟.

假設已經安裝 OOo 及其他需要的程式 (套件) 而且運作正常

G10b.png: 步驟 1-5

1. 第一次啟動 Bibus 會有個歡迎畫面 (或者點擊 Help > First Connection Wizard 也會出現). 可以選要和 OpenOffice.org 或是 MS Office 連結. 我當然是用 OOo. 按 Next

2. 按下 Activate, 啟動 (還是翻譯成活化?) UNO.

3. 會出現 OOo 的警告畫面, 選 Enable Macros (至於有關開啟 Macro 可能的風險不再討論範圍內. 就假設沒問題)

4. 出現 OOo Draw 的畫面, 按下 "Accept UNO Connection", 關閉所有 OOo文件, 重新啟動 OOo. 若是在微軟作業系統, 必須連 OOo 快速啟動也要關掉. 當然可以立刻啟動 OOo 或是等 Bibius 設定完成再來啟動.

5. 回到原視窗, 按 Next


G11b.png 步驟 6-10

6. 輸入使用者名稱

7. 選擇資料庫-- 按 Next 是選 SQLite (算是原設定, 我建議用這個), 按 Cancel 選 MySQL (這比較複雜, 不鼓勵用這個) 說明: 老實說, 這兩者有何不同, 我也不知道, 可能要有程式背景的人才知道. 不過我試過幾次 MySQL, 還沒成功過. 用 SQLite 都很正常, 除了 SQLite 2 & SQLite 3 所建立的個人資料庫可能不相容, 用舊版 Bibus/SQLite 2 的資料檔在新版 Bibus/SQLite 3 讀取上有問題. 其他沒問題. 這有待求證, 若有仁人志士知道 SQLite 2, 3 的問題, 請不吝賜教, 我就先閉嘴.

8. 選擇資料檔的存檔路徑: 我喜歡放在桌面 /home/your_name/Desktop/

9. 選擇檔名, 內設的檔名是 biblioDB.sqlite. 當然你可以改名 如 biology.sqlite, Ecoli.sqlite 等
許久以前在 Win XP 上使用 Bibus 發現路徑及檔名居然會影響到存檔, 若發現無法存檔時, 請試試改路徑到別顆硬碟但使用原先內建的檔名. (這裡還是有待求證, 理論上跟路徑沒有關係, 但就是這麼神奇)

這就是我建議可以全實驗室合力編輯的資料檔. 我同學更絕, 把自己的資料檔分享給實驗室同仁, 這樣就拉更多人使用 OOo Writer + Bibus

10. 存檔, 就開始我們的 Bibus 之旅.



最後, 有興趣想要多了解 Bibus 的人,

1. 加入 bibus, 這裡可以註冊
http://bibus-biblio.sourceforge.net/wiki/index.php?title=Special:Userlogin&returnto=Installation

2. 中文化
下載原始檔, 裏面有個 /bibus-1.3.0/locale/bibus.pot, 使用 poEdit 就可以進行中文化
我是從 Jedi's blog 才對中文化有點概念. 之前跟劉兄兩人寫信給 Bibus 作者, 說明想要進行繁體中文化的構想, 但是兩次 email 都沒人回信, 時間一久, 人也懶散了, 就會給自己找些理由推拖. 如有興趣的人或許可以試試看.



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拖棚歹戲之預告:

使用內建與 Pubmed 的連結來查詢
把 ISI 的查詢結果匯入 bibus
二次或多次更改論文格式
目前的困難

看來各位可能要再忍耐一陣子, 歹勢啦!
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日內瓦一條牛

主題: 查詢 Pubmed 的文獻

1. 先來談談 Bibus 內的文獻管理---請見 H01.png
a. 任何查到的或是自行建立的文獻必須放在 "文獻管理區" 才能使用及存檔. [請見 A]. 這分類樹是方便使用者管理, 其實所有的文獻會出現在 "所有文獻" [請見 B]
b. 文獻管理區可以使用中文, 可以有空格, 但是名稱不能含有百分號 (%) 或是底線 (_)
c. 可以在: 文獻管理\新增子目錄, 進行 [請見 C], 子目錄下可以有子目錄.
d. 滑鼠在子目錄按右鍵, 出現選單, 可以新增子目錄在目前的目錄之下, 可以改名稱, 可以刪除, 可以新增文獻 (自行輸入).


2. 找文獻---請見 H02.png
a. 搜尋\搜尋 Pubmed [請見 D], 此時會跳出一個小視窗 [請見 E]
b. 有關如何在 Pubmed 找資料是一門學問 (其實也不難), 在此先省略查詢技巧. 以筆者而言, 多數的查詢及閱讀都已經完成, 要寫論文前, 手上已經準備一堆印出來的文章 (或是電腦裏已經有想要用的文章的 PDF 檔). 此時的任務是把想要引用的文章, 放到自己 bibus 內的資料庫, 然後寫作時可以邊寫邊插入文獻.
c. 前題: 已經知道目標文獻, 就是你要的, 一次一篇, 把文獻加到自己的資料庫. 至於 Pubmed 查不到的, 可以用 ISI web or knowledge, 或是自行輸入, 這以後再談.
d. [請見 F] 這裏我設了 4 個條件, 標題含有 coli, 發表年份是 1998, 作者中有個叫 Smith, 不分領域含有 shock 這個字.
此時按下 "計算筆數" [G], 就會跳出小視窗 [H] 告訴你計算符合條件的文獻有兩筆, 滿意的話按下 "搜尋" [I], 若出現很多筆資料不容易找到你想要的那一筆時, 可以更改搜尋條件, 或是按下 "增加搜尋條件" [J]. 筆者經驗是設3個條件, 標題關鍵字一個, 作者一人, 年份, 就可以把範圍縮的很小. 這地方不易說得清楚, 但是用過一次就知道.

3. 放到自己的資料庫: 請見 H03.png
a. 按下 "搜尋" 後, 會出現兩筆資料 [請見 K], 此時資料是在線上查詢暫存區 [L], 你必須拉到你自己的文獻管理區才能使用. 用滑鼠選擇你要的文獻, 拖曳到適當的子目錄, 如子目錄: 大腸桿菌 \ heat shock.
b. 若有多筆資料, 可以用滑鼠配合 Control 或是 Shift 鍵.
c. 你的資料庫會自動存檔, 不用額外的存檔動作, 可以直接關閉 bibus.

上面所說的只是很簡易的作法, 其實 bibus 的搜尋功能很多, 有興趣的人不妨多研究.

主題: 匯入 ISI 的文獻


1. 簡介: ISI 全名是 Institute for Scientific Information, 收集多種期刊的摘要. ISI 有多項服務, 包括常聽到期刊點數的計算. ISI 提供的不只提供自然科學類的摘要, 連社會科學也有, 因此各領域都可以使用.

有關 ISI, 請見
http://en.wikipedia.org/wiki/Institute_for_Scientific_Information

2. 為何要用 ISI?
a. 一句話: 減少打字的工作 (寫論文時)
b. 以筆者而言, 使用 Pubmed 為主, 然後到 ISI 確認是否有遺漏沒查到的資料, 這是平時查資料的用法. 至於寫論文插入文獻時, 大家都希望用滑鼠點一點, 拉一拉就好. 跟多數人一樣, 筆者以前都是用暴力法. 雖然市面上有數種現成的商品可以使用, 但是不支援 OpenOffice/Linux, 現在有 Bibus, 讓 OpenOffice 的使用者不會感到孤立無援.

3. 查詢 ISI ---請見 I01.png
a. 進入 ISI 首頁 (這是付費資料庫, 所以會辦認公司/機關/學校的連線位置, 或是有其他確認動作). 有關 ISI 的查詢技巧請自行參閱官網說明.
b. 設定搜尋條件, 例如設定標題有 Openoffce 這個字, 查到 6 筆, 假設前 4 筆就是我要的, 挑選前 4 筆, [請見 A]
c. 由 ISI 匯出這 4 筆, 按下畫面右下角的 "EXPORT TO REFERENCE SOFTWARE"[請見 B]
d. 此時會出現一個小視窗 [請見 C], 把 uml.view.cgi 檔存到磁碟中

4. 匯入來自 ISI 的 cgi 檔---請見 I02.png
a. 檔案\匯入\ISI [請見 D], 請選擇要匯入的檔案
b. 此時有個視窗會問你編碼, 我都是選 UTF-8 (抱歉, 我不清楚各編碼的差異)
c. 所放入的文獻會放在 "匯入文獻暫存區" [請見 E], 這裡還是要把這 4 筆文獻拉到文獻管理區才能使用, 這裏筆者設了一個子目錄叫作 "OpenOffice與教育", 把這 4 筆資料放進這子目錄 [請見 F]

恭喜到此已經完成匯入來自 ISI 文獻的任務.

**幾件事情**
1. ISI 的功能很多, 但是筆者比較少用, 不熟悉這些功能, 無法把這資料庫完整的介紹給大家, 這點敬請原諒.
2. 筆者發現 Bibus 可以自行編輯中文文獻. 中文文獻也可以在 OpenOffice Writer 出現, 這代表未來有可能可以用來整理中文文獻. 但是試過由全國博碩士論文 (免費資料庫) 匯出的資料, 卻無法匯入 bibus, 非常可惜. 不然可以吸引很多人來用.
a. 使用 gcin 時, 要把中文字放出去時不能用 enter 鍵, 不然小視窗會誤以為 enter 就是按下 OK, 編輯完畢而自動關閉).
b. 可以預見中文英文混排有缺點, 例如依照為某英文期刊來設定格式, 輸出中文可能會變成 ---- 陳, 大牛., 小胖. 林, and 阿花. 李. 2002. 生物技術與自由軟體. 78:456-459. ---這種怪怪的四不像格式. 所以是否中英文要分開處理, 或是懂程式的人可以編輯兩種論文格式, 分別給英文及中文, 這已經遠遠超出筆者的能力, 有賴大家的努力.

3. 之前與一位前輩聊到, 他認為 bibus 的潛力很大, 可能可以利用非生物領域的資料庫, 發展成多數人適用的文獻管理軟體.
4. 論壇上先進們, 是否願意測試一下 ISI 資料庫, 與各位常用的資料庫比較一下, 看看可否查到多數的資料, 如果可以, 這絕對是潛力無窮. 對筆者來說, ISI 的查詢包含 Pubmed (Medline), BIOSIS, 所以查 1 個等於查 3 個資料庫, 但是平時查文獻就是要看到 PDF, ISI 的連結比較複雜, 不容易一下子找到 PDF 檔 (或者說我還不會用), 所以我選擇 Pubmed.
5. 有關文獻格式檔如 cgi 等, 筆者完全不熟, 是否這方面已經有個共通的檔案格式? 中文是否相容? 這要向圖書資訊的專家們請教.

主題: Bibus 內文獻的編輯 1. 為何要編輯文獻? 兩個理由: a. 因為一般資料庫找不到, 所以要自己手動建檔. 因為有些沒有被收錄到該資料庫, 或其他被引用的如專利, 法令, 書籍, 年會等. b. 來自資料庫的文獻需要修正, 以符合需要的. 例如匯入文獻資料資料時, 所有作者的姓與名每個字母都是大寫, 此時配合需要來修正 (只留下第一字母大寫, 其餘小寫) 2. 如何新增文獻--- 請見圖片I01.png a. 用滑鼠點選在目標子目錄, 可以用 滑鼠右鍵\新增文獻 或是上方 文獻管理\新增文獻 [請見 A], 此時會跳出一個文獻編輯的小視窗 [請見 B] b. 選擇需要的類型. Bibus 預留許多文獻類型, 這裡有17 可選, 及 5 項可以自訂. 以筆者的經驗, 最多的當然是 Article 期刊論文, 其他常用的也只有書籍, 年會, 專利, 法律, 學位論文. 當然這是因人而異 [請見 C]. ---請見 I02.png c. 這是筆者的範本 [請見 D], 不過這裏使用中文純屬示範, 目前 Bibus 能否用來作中文文獻的整理還是個未知數. 先選碩士論文, 編輯 identifier, 編輯作者, 題目等等. d. 按下 OK [E], 就會在子目錄 中看到該筆文獻 [F] e. 在 [H] 的位置按下 "style", 就會看到以目前設定的論文格式下, 該筆文獻的樣子 [I]. 可以發現 [J] 的位置有怪怪的東西, 這是因為當時筆者是把格式設定為 Journal of Applied Microbiology [請見 K], 一來顯示的欄位不同, 二來中英文不適合混用, 這以後再聊. 說明: 當選擇文獻類型是書籍時, 其他的欄位也會變成該有的樣子. 例如出版社. 這裡的欄位與自行編輯的 <論文格式> 有關, 這在本討論主題的第二篇 (請見 2006/11/1, 那一篇有提過). ---請見 I03.png f. [請見 L],以冷泉港出版, 被稱為分子生物學實驗寶典的那本書為例所編輯的文獻. 至於 Author 或是 Editor, 只引用書籍, 或是書裏面的一個章節, 這因人而異, 請自行調整, 在此不贅言. 3. 預設的文獻格式 a. 先抱怨一下. 老實說這裡有些字實在很困擾, 例如 <資料庫> 可能是指 SQLite 或是 MySQL, 或是指使用者自己編輯及收集的文獻, 也可能是 Pubmed, Biosis, ISI 這一類的生物摘要資料庫. Citation, reference, literature, bibliography 都可以翻譯成文獻, 但是細節上卻有所不同. Style, format 都可以翻譯成格式 . 所以還請各位前輩多擔待, 筆者中文用字的正確性有待加強, 有空我會去請教有經驗的人, 若各位發現有本討論主題或是 Bibus 中文介面翻譯有不妥的地方, 敬請指教. b. Bibus 文獻的預設格式. [請見 M-P] 因為 Bibus 是以 Pubmed 為主 , 所以這裡就以來自 Pubmed 的文獻為預設格式. (1) Identifier, 這個我找不到適當的翻譯 (叫鑑定者怪怪的). 一般是使用第一作者的姓加上該文獻的發表年代. 若 Bibus 資料庫內有同名的 identifier 時, bibus 會自動家上一串數字以區隔. 如 Smith1998,另一筆可能是 Smith1998#425. 個人覺得 identifier 在 Bibus 的功能是快速辨識. (2) Author 作者欄: [請見 M] 這裡的做作者編排是有一定的格式作者與作者之間用分號 < ; >分開. 姓在前後面加逗號 < , > , 名在後, 可用縮寫, 可用全寫 (J E 或 John Ed) Q: 既然是預設格式, 程式自己會處理, 那為何要提到這個? A: (1) 自行編輯文獻時, 例如書籍, 必須要知道 (2) 從別的資料庫匯入的文獻常有不同的表示法, 例如 Peterson, Terry., Dicks, Tim. 若沒有分號, Bibus 無法了解這是兩個作者. 常見問題: 由部份由來自 ISI 的文獻, 作者姓名全部大寫, 此時必須要手動改成第一字母大寫, 其餘小寫. 來自 Pubmed 的文獻則沒有這問題 (3) Title 標題: [請見 N] 預設格式是題目第一字的第一字母大寫, 其餘小寫. 標題中特殊名詞要大寫如地名, 生物屬名等. 當然, 書名的部份可能要就每個字的第一字母大寫 (除了介系詞及連接詞), 這要自行注意. 常見問題1: 由部份由來自 ISI 的文獻, 標題全部大寫, 此時必須要手動修正. 來自 Pubmed 的文獻則沒有這問題 說明: 生物學名的斜體目前還是無法處理 (Pubmed 的文獻也是沒有斜體) 常見問題2: 標題後的句號. 來自 Pubmed 的標題, 句末都會有的句號, 因為論文格式的關係, 最後在完稿時常出現雙句號 < .. > 這是目前的缺陷, 但是其實也不難, 只要完稿後在 Writer 使用搜尋功能, 搜尋 < .. > 然後取代成 < . > 就好. (4) Journal 期刊: 這裡預設格式是用縮寫, 不加句號, 第一字母大寫. (例如 J Appl Microbiol) 常見問題1: 有些來自 ISI 的文獻, 全部大寫, 甚至沒有縮寫, 所以要手動修改. 實用技巧: 萬一遇到需要縮寫的, 在 Writer 完稿後自行加上就好 (J. Appl. Microbiol.). 筆者不鼓勵在 Bibus 的資料庫修改, 要改就到 Writer 的文章改. (5) 其他 Volume, Year, Pages [請見 P], 比較沒問題. 筆者遇過一個問題, 有些來自 ISI 的文獻頁數有問題, 只有最終頁, 缺少起始頁 (如 425-431 變成 431). 等實際用到, 自我校稿時才發現有漏頁, 真的很搥心肝, 回頭去一堆文獻中找出那一篇, 或是要重新登入 ISI 資料庫再找一次. 所以我對來自 ISI 的文獻很感冒, 但是沒辦法, 只能在匯入時多加小心.

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主題: Bibus 之正體中文翻譯檔

看來原作者還沒釋出新版, 那我先貼出來.


1. 如何使用中文翻譯檔: 請見附加的 bibus.pot 及 bibus.mo

a. 因為 poedit 在一些版本不能跑, 包括 Kubuntu 6.10 and 7.04, Ubuntu 7.04, Mandriva 等, 無法由 pot 產生 mo. 所以這裡附上 mo 檔. 我用 Ubuntu 6.10, 可以使用 poedit.

b. 如果是用 K/Ubuntu, 請先安裝 bibus, 然後把 bibus.mo 複製到
/usr/share/locale/zh_TW/LC_MESSAGES (需要 root 的權限, 如 sudo nautilus). 然後重新啟動 bibus 就可以看見中文版 (不過系統語言要設成 zh_TW 才能顯示該中文). 至於其他版本的 Linux, 我不清楚是否用的相同的路徑.

c. 如果是在 MS windows 下, 我記得許久以前, 安裝 bibus 時, 會有個視窗可以選擇語系, 但是這 mo 檔如何在 Windows 上用, 我完全沒有概念, 手邊也沒有現成的電腦可以測試, 有需要的人, 請向有安裝 Windows 的人求助, 這點小弟目前幫不上忙, 敬請見諒.


2. 翻譯過程

a. 我認為要把 bibus 翻譯好, 需要三方面的基礎: 圖書館學領域的字彙, 電腦資料庫的字彙, 及不錯的英文底子. 很幸運地, 這三點我完全沒有. 就是因為沒有基礎, 所以花了不少時間查單字及找尋適當的解釋, 也因此學了不少東西 (這是幸運的地方).

b. 翻譯過程中, 我儘量以功能翻譯優先, 不拘泥在一字對一字的翻譯. 所以使用者若有機會去對照英文原文, 將發現有些詞翻譯的很怪. 老實說, 若不熟悉 bibus, 完全按照英文原文來使用, 很容易迷路. 我希望我的翻譯法, 可以使新手更快上手.

c. 有些字我故意留下原文不翻譯, 因為有兩種情況, 一是預覽, 例如有些期刊把需要把作者用粗體表示, 期刊用斜體表示, 如果強力翻譯下去正常是 Author. (year). Title. Jounal. Volume:page 會變成: 作者. (年份). 標題. 期刊. 卷數:頁數--> 這很怪. 二是我不會翻譯, 或是找不到該詞在 bibus 出現的位置, 所以無法判定適合的翻譯.

d. 過去幾個月, 我利用空閒時間來翻譯. 我先 email 向 bibus 作者說明我想翻譯的意願, 過了很久, 在 2007 年 1 月收到作者的同意, 他要我先下載 cvs 版本的 pot (我當時完全不知道啥是 cvs).

e. 到了 4, 5 月, 自己對 poedit 的操作越來越熟, 同時也經常使用 bibus 所以對 bibus 更熟了, 認為功能翻譯可能對剛接觸的人比較有用.

f. 翻譯環境: 我是用 Ubuntu 6.10, OOo 2.0.4, Bibus 1.3, UTF-8 編碼, poedit 1.3


3. 翻譯的意義

a. 個人得意義: 比起眾多翻譯 Gnome, KDE 及許多重要程式的前輩們比起來, 這只有 553 條譯文的翻譯工作, 簡直是小兒科中的小兒科, 不值得這樣的敲鑼打鼓.

但是, 我想強調的是, 從我第一次接觸到電腦到現在 (Aug 2007), 有關寫程式, 我只學過一次, 那是 16年前, 1991 年的秋天, 我剛進高中, 電算老師在學校 286 的機器上教我們用 BASIC 從 1 加到 100. 以我一個不懂程式設計, 非工程背景的人可以換用 Linux + OOo, 然後盡一點心力來回報, 我的用意是打破一些刻板印象, 例如 Linux 只適合高手使用, 或者只有懂程式的人才能作點什麼事情. 我既不是高手, 也不懂程式, 一樣可以設法擠出一丁點的東西.

b. 高尚一點的意義之一: 上 google tw 查查, 網路上有關調校 Linux 核心的文章很多, 甚至連說明 BSD 的文件都比化學自由軟體來的多. 我不是抱怨, 我是想點出一些問題. 因為大家的努力 (有資訊背景的人), 目前 Linux/BSD 已經變得很人性化, 越來越多人感受到 OOo 的好用. 某的程度上可以說第一階段任務完成, 但是第二階段, 也就是擴及非資訊領域的應用還有待努力. 對於會計, 醫學, 天文, 土木, 地理, 大氣, 語文....我完全不懂, 所以我只能先從自己會用到的先努力. 就像某前輩所擔心的, 欠缺高等教育所需的自由軟體及相關資訊可能是推廣上的大問題.

c. 高尚一點的意義之二: 我先把小竹筏準備好, 竹筏雖小不起眼, 但是功能齊全. 哪天生物化學人所乘坐的海盜船要沈了, 或是嫌遊輪的票價太高想要跳船, 他們就會看到的我的溫馨小竹筏.

d. 個人自私的意義: 我已經不用需要花錢才能合法使用的軟體, 使用的軟體都是合法免費的, 其中以自由軟體居多. 但是使用的人還是很少, 我不希望我用的軟體被終結掉, 這樣可能會被逼著回頭去用商業軟體. 所以我要設法多拉一點人來用, 只要多一點人來用, 就可能有人會維護這套件, 我就不用擔心它會消失. 我的作法是, 寫使用文件, 尚未有正體中文翻譯的, 可以試著中文化. 就這麼一點自私的動機與想法.


4. 其他

a. 感謝翻譯過程中, 我的朋友劉兄及 shelandy 兄許多寶貴的建議. 也感謝 bibus 作者同意我進行翻譯及放入正體中文的翻譯. 也感謝 OOo 補給站提供空間可以讓我胡言亂語.

b. www.gnome.hk 這是香港 gnome 的翻譯網頁, 其中翻譯介面有幾個重點, 我看過後受益良多. 若有跟我一樣的新手, 想要進行中文化的, 這網頁非常值得參考.

c. 我不確定翻譯檔是否有版權, 如果有, 我會使用與 bibus 相同的 GPL 授權. 如果沒有就算了, 只是先說清楚, 以免下一位接手要翻譯的人會擔心侵權.

d. 翻譯的內容與品質沒有保證, 我還在學習, 歡迎批評指教, 作為日後翻譯改進的參考. 若有人覺得我翻得很爛, 想要自己來翻也絕對歡迎, 我只是個熱心有餘但能力不足的使用者, 不代表我是 bibus 正體中文翻譯的 "獨家合法代理人", 這點請不用擔心.

日內瓦一條牛, 美東夏季時間 12:25 AM, Aug 19, 2007

主題: Bibus 中文化介面的部份螢幕擷取

J01.png
我把主程式幾個功能選單擷取出來 (抱歉這排版有點亂)

J02.png 及 J03.png
我把編輯 style (論文格式) 的選單貼出來, 因為這是我覺得最困難的部份.

今天早上開機, Ubuntu 的自動更新程式告訴我有 bibus 的更新 (1.4-rc1), 真高興, 上次 bibus 更新是在 2006/12. 但是更新時有套件相依問題 (我還是用 6.10), 所以我到 packages.ubuntu.com 下載了 python-central 0.5.12 (.deb 檔) (套件相依要求至少要 0.5.8), 老實說, 使用非 6.10 版的套件會不會發生事情, 我並不知道, 還好, 一切順利. 抱歉. 目前沒時間去仔細看看這一版有什麼修正.

隨後下載了原始套件來看 (.tar.gz), 解開後發現 locale 沒有 tw or zh_tw, 所以立刻寫信給 bibus 的作者, 再把翻譯檔寄給他一次, 請他把正體中文的翻譯放進去.

所以朋友們若想要用 bibus 的中文介面, 還是請你們自行動手把 pot/mo 檔放到適當的路徑. 翻譯檔在本討論的第 13 篇, 請自行下載. 若有修正翻譯檔, 我會立刻在這裡公佈. 祝大家用得愉快.


日內瓦一條牛

主題: Bibus 的錯誤訊息

Ubuntu 的網友提到一個問題, 後來解決了, 現在把過程貼出來

在使用 bibus 時, 若與 OOo Writer 聯結時出現一個錯誤訊息 [請見k01.png], 解決方法如下

A. 安裝
1. 先安裝 bibus
2. 啟動, 但是 OOo 出現警告, 說 macro 設定為 security 可能無法使用 [k02.png]
3. 按下 文件中的 accept uno
4. 到 bibus 軟體, 選單 OpenOffice.org --> go to writer 就出現錯誤訊息

如果您是這一型, 可以用下面敘述的方法解決

B.
1. 開啟的一個 Writer 檔, 由 Tools > Options > OpenOffice.org > Security
2. 畫面右方有個按鍵 Macro security [k03.png]
3. 內設為 high, 現在改為 low [k04.png]

4. 然後重新啟動一次. 作法: 選單: Help > first connection wizard, 選擇接受 UNO

C.
1. 此時 又到 bibus 軟體, 選單 OpenOffice.org --> go to writer 在沒有先開啟 Writer 時還是會出現錯誤訊息 [與 k01.png 相同的錯誤訊息視窗]
2. 從 ubuntu 選單叫出 OOo Writer
3. 到 bibus 軟體, 選單 OpenOffice.org --> go to writer 正常, 沒有錯誤訊息

D.
然後回到 macro security, 把安全等級改回到 high, 不會影響 bibus 與 OOo 的連繫

PS: 我在 ubuntu 8.04/OOo 2.4 安裝 bibus (20080708 安裝) 沒有問題, 但是在 ubuntu 7.10/OOo 2.3 卻說 python-central 需要 0.6.xx 版, 但是目前是 0.5.xx, 於是我就去 packages.ubuntu.com 下載最新版的 deb (for 8.04), 就安裝. 我知道這樣不太好, 但是也沒有發生什麼事情.

請教一下, 我試著在上一則裏附上圖片 (png files), 但是試過幾次都失敗, 所以上一則只有文字.

很奇怪的一系列貼下來都沒問題, 為何這次就不行?? 是我操作錯誤嗎? 還是其他人有類似的情況?

---------
等問題解決後我會把這則刪去.

可有人試出, 可用在工程管理類別的文獻資料嗎 (ooo+bibus)
最壞的打算 需回頭裝校內的word + endnote 去
若能攻佔 學術這一塊, 相信會有很多生力軍

方便請 gene 兄指點一下, 工管類常用的資料庫有哪些? (不過你告訴我, 我也不懂)

如果在 ISI, web of knowledge (要花錢) 可以查到的, 應該可以匯入 Bibus, 請見本討論系列之第 11 則.

當然, 如果工管領域也有像 PubMed 這種公開不用花錢的資料庫就更好.


老實說, Bibus 只有研究生及教授才會用到, 不像是 FireFox or OOo, 每個活人都可以用, 所以推廣起來遠比其他自由軟體困難, 加上這群人是很難剃頭的, 意見特別多. 還有, Bibus 的功能還有改進的地方, 貿然要這些難剃頭的人改用, 我想可能造成推廣軟體有功無賞, 軟體難用我們要賠的情況. 我最近也比較把重心放推廣其他教育類的自由軟體, 所以比較忽略 Bibus (其實都是我的藉口)


Bibus 的中文翻譯我已經放到 Tryneeds, 有興趣的朋友可以註冊後協助修正翻譯
http://tryneeds.westart.tw/tryneeds/
註冊後, 進入教育類軟體, 就可以看到 Bibus

或取我該再度寫信給原作者提醒要把正體中文的翻譯放到官方的套件裏.

江兄寫的好，我補充一點：新版endnote 有支援OOo。不過我還是支持用bibus 取代封閉軟體