主題: 線上化學軟體, PubChem edit
http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/edit/
1. 基本資料
a. 作者: NIH>NLM>NCBI
b. 授權: 求證中 (可能是 Public domain)
c. 支援平台: 線上使用 (免費), 所以任何平台都可以
d. 匯出格式: [請見 C01]
e. OpenOffice 可接受的格式:eps, gif, png, wmf
f. 優點:免費, 線上操作免安裝, 基本功能都有
g. 缺點:連線速度慢時可能令使用者不耐煩, 一定要連線才能使用, 目前只有英文介面.
2. 有關 Pubchem
根據 wiki 的資料,
http://en.wikipedia.org/wiki/PubChemPubchem 收集許多具有生物活性分子的化學資料庫, 對基礎生化研究及藥物研究相當有幫助. Pubchem edit 可以線上編輯化學式.
3. 操作
a. 不需要安裝, 直接連上該網址
http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/edit/ b. 在此以 wikipedia, 知名殺蟲劑 DDT 的化學式 [請見 A01] 為模仿對象, 我們也來畫一個 DDT (至於立體圖 [A02], 希望以後有機會可以介紹)
c. 可以選擇撥接 (dialup) 或是寬頻上網 (Broadband) [A04]. 差別在畫面的圖看起來品質好壞 (應該不影響輸出的品質)
d. 可以選擇顯示的化學式 [A03], 載此建議選 Formula, 就會顯示分子式及分子量, 例如畫一個苯環, 會顯示 C6H6 [78.13 gr/mol].
e. 開始畫圖
請見 [B01] 先點十字, 畫一個十字 (一個碳四隻手各接一個甲基)
[B02] 先點苯環, 在十字下方的端點, 點兩下, 就出現兩個苯環
[B03] 先點單鍵, 在苯環上加單鍵的取代基
[B04] 先選氯 "Cl", 在適當的地方點一下, 把甲基變成氯---完成
4. 匯出圖型
a. 貼到 OpenOffice. 若不考慮列印, 可以選擇 png, gif, eps 三種選一, 不過在調整化學式大小時, 可能會出現鋸齒狀, 包括 eps 檔.
若需要列印時, 建議使用 eps, 即使拉大會出現鋸齒狀 (可能是 preview 的問題), 列印時還是相當漂亮.
[C01] 有個選單可以選匯出的檔案, 若只是要貼到 OpenOffice, 請選 png, gif, eps. 若要存檔, 希望下次可以繼續編輯化學式或要寄給朋友, 建議選 SMILE or SLN.
b. 可以貼到 OpenOffice 文書軟體 Writer, 簡報軟體 Impress, 繪圖軟體 Draw.
[提醒: 插入到 Impress 或 Draw 時, 一定要打斷連結, 這樣圖片才會合併到該檔案]
c. 老話題, 如同站衛兵要背的用槍時機及準則, 非到緊要關頭絕不輕易給人 doc 檔. 這裡也是, 萬一在上位者是用封閉的化學軟體, 我們就不得不給特定格式, 當然 Pubchem edit 可以匯出 ChemDraw 或是 ISIS 格式 (這需要的人自己會用, 在此不多解釋)
d. 還是老話題, 有沒有類似開放格式 (ODF) 的化學式? 讓化學式流通就像 PDF, ODF. 例如笨牛畫完的圖型可以交給傻蛋牛來讀及修改? 答案好像有. 可以匯出下面的格式, 寄給需要的人, 然後下一位可以不用特定軟體就可以讀出.
(1) SMILES (Simplified molecular input line entry specification)
http://en.wikipedia.org/wiki/Simplified_molecular_input_line_entry_specification
SMILES 在 wikipedia 相當常見. 幾乎常見的化學分子, wiki 都會提供 SMILES 化學式.
(2) InChi (International Chemical Identifier)
由 IUPAC 及 NIST 共同制定的. 可以表達立體異構物.
(3) SLN (SYBYL Line Notation)
http://en.wikipedia.org/wiki/SYBYL_Line_Notation
以 SMILES 為基礎, 可以表達立體異構物.
有關這三種化學式, 我還一知半解, 看起來根本是外星文字. 有空該向化學資訊高手請教.
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