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[哈啦四下] OpenOffice 與化學繪圖軟體

discuss pic 2007-07-21 11:56:14
1. 為何要介紹這個? 化學式跟 OpenOffice.org 有很大的關係嗎?

對一般使用者而言, 畫出化學式只完成半套, 如何把化學式貼到文書軟體或是簡報軟體才算完整. 這樣才能進行簡報, 寫報告及論文. 不然的話 OpenOffice 與化學自由軟體只是不相關的兩個 "半套", 接下來可能會聽到一些負面的話如: OpenOffice 超難用, 化學式貼不上去, 所以我不用; Linux 很難用, 連個像樣的化學軟體都沒有.......

所以小弟利用本主題, 把化學繪圖軟體的基本功能及如何在 OOo 上使用逐次介紹.


2. 預設對象是?

a. 高中生及國高中老師, 有上過或是正在上高中化學, 且願意使用 OpenOffice 的人.
b. 大學生, 研究生, 教職員 (理工醫農等領域) 需要基本化學繪圖功能, 且願意使用 OpenOffice 的人.
c. 非上述兩類但有興趣想用的人.

PS: 對於化學系, 藥學系等需要更多專業功能的人可能不適用.


3. 所介紹軟體的特色

a. 合法免費的優先, 自由軟體優先於封閉軟體.
b. 跨平台優先, 若只能在微軟作業系統上跑, 但是又無法用 Wine 等程式來跑時, 我就無法多介紹.
c. 能配合 OpenOffice 使用的優先, 包括間接的匯出圖檔插到 OOo, 或直接存成 OpenOffice 可讀取的格式. 若無法配合 OpenOffice 使用, 除非它很重要, 否則我不會多作介紹.


4. 匯出格式介紹

a. 一般使用: 用於簡報時 (不考慮列印) 可以匯出成 png, eps. 若需要列印 (報告及論文) 就要注意圖檔的解析度, 或是使用 eps. 多數使用者這樣就夠了, 已經可以在 OpenOffice 上運用自如, 完成工作.

[補充說明, 螢火飛兄在另一篇討論中提醒, 使用 MS Windows 時, eps 檔的支援性有問題]

有些化學軟體可以匯出 svg, 但是目前 OpenOffice 對 svg 的支援性欠佳, 需要 svg filter 或是轉檔. 期待有一天 OOo 可以支援 svg.

b. 一般出版社: 需要投稿時, 若不是非常挑剔的機構, 只要匯出成 tif 或是 eps 就可以了

c. 化學期刊: 以美國化學學會 (American Chemical Society) 為例子

https://paragon.acs.org/paragon/application?pageid=content&mid=preferredsoftware.html&parentid=authorchecklist&headername=Preferred%20Software

他們列出一串可以接受線上投稿的化學式的檔案格式及推薦軟體. 未來我要去求證是否有化學式的開放格式檔案.

有關詳細的化學檔案格式, 可以參考這裡:
http://en.wikipedia.org/wiki/Chemical_file_format
老實說裏面多數格式一般不會用到, 我們所關心的如何畫出化學式, 如何貼到 OpenOffice.

歡迎大家來討論並指教. 一方面我還在摸索學習, 二方面我會用到的才會去測試, 換句話說無法完整的介紹該軟體, 這點請見諒.

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日內瓦一條牛, ET: 11 pm, July 20, 2007.
1117505320
discuss pic 2007-07-22 14:20:26
主題: 常見的化學軟體與化學自由軟體

在 wikipedia: molecule editor (化學分子編輯軟體)
http://en.wikipedia.org/wiki/Molecule_editor

裏面提到有 AGM build, ACD/chemSketch, ChemDraw, ISIS/Draw, BKchem, Smormoed, JChempaint, XDrawChem, Chemtool 等

在此大膽地把這些分為四類

1. 封閉軟體, 要花錢, 只支援封閉作業系統

a. ChemDraw (聽我的勸告, 絕對不要去查這個的價格)
不過當然話不能這樣說, 這軟體非常強大, 只是一般人不會用到. 殺雞焉用牛刀, 我是笨牛, 但是我不需要殺牛, 更買不起牛刀.


2. 封閉軟體但免費

a. ACD/Chemsketch
http://www.acdlabs.com/download/

b. ISIS/Draw
http://www.mdli.com/downloads/downloadable/index.jsp
註冊後可以下載, 支援 MS & Mac, 我用 Wine 失敗了.
四, 五年前我有玩過一陣子, 基本的功能都有, 還有個小外掛程式, 可以把畫的圖型按照 IUPAC 的規則命名 (適合修大學有機化學的人).

c. ChemAxon/Jchem
http://www.chemaxon.com/products.html
看起來很強大, 但這規矩很多, 有空我要仔細讀下載前的 EULA 規定. 暫時還不想碰它.


3. 免費且可能是自由軟體

a. agile molecule
http://www.agilemolecule.com/Downloads.html
其中 AGM view 及 AGM buil 是 GPL, 免費, 支援 Linux & MS

b. BKchem
http://bkchem.zirael.org/
GPL, 免費, 跨平台

c. Smormoed
http://www.hungry.com/~alves/smormoed/
Modified BSD license, 支援 Linux, Mac OSX

d. JChempaint
LGPL, 免費, 跨平台

e. xDrawChem
http://xdrawchem.sourceforge.net/
GPL, 免費, 跨平台 (有段時間沒更新)

f. Chemtool
http://ruby.chemie.uni-freiburg.de/~martin/chemtool/
自由, 免費, 支援 Unix-like OS

g. easychem
http://easychem.sourceforge.net/
可以下載原始碼, 免費, 支援 Linux & Mac OS X

h. Gnome Chemistry Utils & gchempaint
http://gchemutils.nongnu.org/
GPL. 看到官網的介紹會流口水, 下載來安裝時卻滿身大汗從未成功過 (若有人成功安裝, 請指導一下)

4. 線上編輯化學式

a. Pubchem edit
http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/edit/
線上免費使用

b. Marvin Molecule editor and Viewer
http://www.chemaxon.com/demosite/marvin/index.html
線上免費使用

其他的如元素週期表, KDE 及 Gnome 的化學教學軟體, 立體分子的展示軟體等, 我還在努力收集資料, 敬請耐心等候.
1117505320
discuss pic 2007-07-23 10:16:38
主題: 線上化學軟體, PubChem edit

http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/edit/

1. 基本資料

a. 作者: NIH>NLM>NCBI
b. 授權: 求證中 (可能是 Public domain)
c. 支援平台: 線上使用 (免費), 所以任何平台都可以
d. 匯出格式: [請見 C01]
e. OpenOffice 可接受的格式:eps, gif, png, wmf
f. 優點:免費, 線上操作免安裝, 基本功能都有
g. 缺點:連線速度慢時可能令使用者不耐煩, 一定要連線才能使用, 目前只有英文介面.


2. 有關 Pubchem
根據 wiki 的資料, http://en.wikipedia.org/wiki/PubChem
Pubchem 收集許多具有生物活性分子的化學資料庫, 對基礎生化研究及藥物研究相當有幫助. Pubchem edit 可以線上編輯化學式.

3. 操作
a. 不需要安裝, 直接連上該網址 http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/edit/
b. 在此以 wikipedia, 知名殺蟲劑 DDT 的化學式 [請見 A01] 為模仿對象, 我們也來畫一個 DDT (至於立體圖 [A02], 希望以後有機會可以介紹)

c. 可以選擇撥接 (dialup) 或是寬頻上網 (Broadband) [A04]. 差別在畫面的圖看起來品質好壞 (應該不影響輸出的品質)
d. 可以選擇顯示的化學式 [A03], 載此建議選 Formula, 就會顯示分子式及分子量, 例如畫一個苯環, 會顯示 C6H6 [78.13 gr/mol].

e. 開始畫圖
請見 [B01] 先點十字, 畫一個十字 (一個碳四隻手各接一個甲基)
[B02] 先點苯環, 在十字下方的端點, 點兩下, 就出現兩個苯環
[B03] 先點單鍵, 在苯環上加單鍵的取代基
[B04] 先選氯 "Cl", 在適當的地方點一下, 把甲基變成氯---完成


4. 匯出圖型

a. 貼到 OpenOffice. 若不考慮列印, 可以選擇 png, gif, eps 三種選一, 不過在調整化學式大小時, 可能會出現鋸齒狀, 包括 eps 檔.

若需要列印時, 建議使用 eps, 即使拉大會出現鋸齒狀 (可能是 preview 的問題), 列印時還是相當漂亮.

[C01] 有個選單可以選匯出的檔案, 若只是要貼到 OpenOffice, 請選 png, gif, eps. 若要存檔, 希望下次可以繼續編輯化學式或要寄給朋友, 建議選 SMILE or SLN.


b. 可以貼到 OpenOffice 文書軟體 Writer, 簡報軟體 Impress, 繪圖軟體 Draw.
[提醒: 插入到 Impress 或 Draw 時, 一定要打斷連結, 這樣圖片才會合併到該檔案]

c. 老話題, 如同站衛兵要背的用槍時機及準則, 非到緊要關頭絕不輕易給人 doc 檔. 這裡也是, 萬一在上位者是用封閉的化學軟體, 我們就不得不給特定格式, 當然 Pubchem edit 可以匯出 ChemDraw 或是 ISIS 格式 (這需要的人自己會用, 在此不多解釋)

d. 還是老話題, 有沒有類似開放格式 (ODF) 的化學式? 讓化學式流通就像 PDF, ODF. 例如笨牛畫完的圖型可以交給傻蛋牛來讀及修改? 答案好像有. 可以匯出下面的格式, 寄給需要的人, 然後下一位可以不用特定軟體就可以讀出.


(1) SMILES (Simplified molecular input line entry specification)
http://en.wikipedia.org/wiki/Simplified_molecular_input_line_entry_specification

SMILES 在 wikipedia 相當常見. 幾乎常見的化學分子, wiki 都會提供 SMILES 化學式.


(2) InChi (International Chemical Identifier)
由 IUPAC 及 NIST 共同制定的. 可以表達立體異構物.

(3) SLN (SYBYL Line Notation)
http://en.wikipedia.org/wiki/SYBYL_Line_Notation
以 SMILES 為基礎, 可以表達立體異構物.

有關這三種化學式, 我還一知半解, 看起來根本是外星文字. 有空該向化學資訊高手請教.
1117505320
discuss pic 2007-09-20 12:57:45
主題: 跨平台的化學自由軟體--BKchem 及正體中文化

bkchem http://bkchem.zirael.org/

1. 為何笨牛推薦這個軟體?
a. GPL 自由授權同時也是免費
b. 跨平台 (根據官網, Bkchem 支援 MS windows, Linux, Mac, BSD)
c. 可以匯出多種圖檔及化學式, 更棒的是可以把化學式存成 OOo Draw 檔 (是舊的 .sxd)
d. 目前最新版 0.12 pre-2 已經修正 0.12 pre-1 的一個缺點, 所以大致功能完成, 我認為可以使用了 (但是不能輸入中文). 非常適合高中生及大學非化學主修的學生.

剩下的以後介紹


2. 中文化過程
a. 中文化由我--日內瓦一條牛, 及我的朋友劉兄-- 波士頓一條狗 (我幫他取這筆名不知道他是否滿意?). 一條牛及一條狗, 兩隻畜生剛剛好!

b. 目前完成約 60% 的翻譯 (總共 477 條), 已經把多數操作介面翻譯了, 剩下的多是錯誤訊息 (不容易翻譯啊!)

c. 老實說在數種支援 Linux 的化學軟體中, 目前我最推薦 bkchem, 操作上比 chemtool 及 xdrawchem 簡單, 又是跨平台, 正好 bkchem 的官網有提供 pot 檔給翻譯的人, 我先跟作者聯絡, 取得同意後開始翻譯. 我就把劉兄拉下水來一起翻譯. 不過我們兩人課業也忙, 也沒有中文化的經驗, 所以邊作邊學, 邊學邊作. 我已經先把完成的部份寄給作者, 作者也答應在下一版放入我們的翻譯檔. 不過在這裡我先把 pot 及 mo 檔貼出來 (歡迎指教)

雖然 bkchem 有個選單可以選語言介面, 但作者還沒有放入 tw 的選項, 所以我的作法 (在 Ubuntu), 把 bkchem.mo 放到其中一種語言如 pl (應該是波蘭語) 的位置, 取代原來的翻譯檔

路徑可能是
/usr/share/locale/pl/LC_MESSAGES

然後重新啟動 bkchem 就好.

d. 中文化的意義: 和我翻譯 bibus 一樣, 有理想的, 有自私的. 不一樣的是, 希望 bkchem 對高中生有唸化學的, 要寫報告的有幫助.

圖片
bkchem01.png: 這是主要選單中文化的樣子
bkchem02.png: 在分子上--按下滑鼠右鍵會出現選單可以進行功能編輯
1117505320
discuss pic 2007-09-21 00:21:23
主題: BKchem 0.12 pre-3 出來了 (及中文翻譯)

真巧, 昨天晚上才貼了上一篇, 今天就看到 bkchem 有新版, 也把中文翻譯放進去了 (感謝 bkchem 的作者 Beda Kosata)

如果需要切換到中文介面的人, 請見下圖, 從 選項 > 切換語言 > 選擇 tw

既然是可以選語言介面, 我推測在微軟作業系統下安裝 bkchem, 也是相同的方法就可以切換 (但是我沒試過)

同樣的, 翻譯內容與品質沒有保證 (跟大多數志工一樣, 我們兩人沒拿任何報酬來進行翻譯, 若翻譯不好, 請多擔待, 我們會慢慢改進). 若翻譯檔有版權, 我們會選擇與 bkchem 相同的授權, GPL, 歡迎任何人接手翻譯.

翻譯過程中有參考國立編譯館的化學字彙, 但是若有不恰當的地方, 敬請指教.


日內瓦一條牛
美東夏季時間 12:20 pm, 09/20, 2007
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discuss pic 2013-05-16 19:43:23
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